1、种类区别：巴旦木是桃属中扁桃亚属植物，杏仁属蔷薇科植物，巴旦木果壳薄，杏仁果壳则很硬，不易剥开。
2、形状区别：杏仁比巴旦木小，杏仁暗黄色，呈扁平椭圆形，一端圆形，一端很尖，巴旦木果实扁且长，呈椭圆形。
3、味道区别：杏仁味道芳香微苦，巴旦木的果实则是甜香的，杏仁核面光滑，边缘处有沟纹，巴旦木外壳有蜂巢状孔纹。
作用不同：巴旦木是扁桃的内核，杏仁则是杏的内核。巴旦木果有特殊的甜香风味。杏仁分为甜杏仁及苦杏仁。我国南方产的杏仁属于甜杏仁(又名南杏仁)，味道微甜、细腻，可作为原料加入蛋糕，曲奇和菜肴中；北方产的杏仁则属于苦杏仁(又名北杏仁)，带苦味，多作药用，具有润肺、平喘的功效。
杏仁表面光滑，边缘有沟纹，外壳为坚硬的木质；巴旦木有明显的蜂巢状孔纹，呈长圆锥形，其仁皮为黄色，粒形较大。
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